《中華人民共和國傳染病防治法實施辦法》中對傳染病菌進行了詳細的描述：
第十六條 傳染病的菌（毒）種分為下列三類：
一類：鼠疫耶爾森氏菌、霍亂弧菌；天花病毒、艾滋病病毒；
二類：布氏菌、炭疽菌、麻風桿菌、肝炎病毒、狂犬病毒、出血熱病毒、登革熱病毒；斑疹傷塞立克次體；
三類：腦膜炎雙球菌、鏈球菌、淋病雙球菌、結核桿菌、百日咳嗜血桿菌、白喉棒狀桿菌、沙門氏菌、志賀氏菌、破傷風梭狀桿菌；鉤端螺旋體、梅毒螺旋體；乙型腦炎病毒、脊髓灰質炎病毒、流感病毒、流行性腮腺炎病毒、麻疹病毒、風疹病毒。
國務院衛生行政部門可以根據情況增加或者減少菌（毒）種的種類。
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