在最初的馬來西亞和新加坡疫情期間，大多數人類感染因直接與病豬或其受污染的組織接觸而導致。據認為，該病毒通過呼吸道產生的飛沫、與豬的喉嚨或鼻腔分泌物接觸，或與染病動物的組織接觸進行傳播。
在孟加拉國和印度的疫情中，食用被受感染果蝠尿液或唾液污染的水果或水果產品（如椰棗原汁）是最可能的感染源。
在孟加拉國和印度后來發生的疫情期間，尼帕病毒通過與患者的分泌物和排泄物密切接觸直接人傳人。據報告，在印度西里古里，病毒還在一所衛生保健機構內部傳播，其中75%的病例發生在醫院職員或就診者中間。2001至2008年，孟加拉國報告的病例約半數由人傳人所致。
